Az egyetem első két évében a Budapesti Műszaki Egyetem Nehézvegyipari Karaként működött, majd 1951-ben önálló intézménnyé alakult Veszprémi Vegyipari Egyetem néven. 1949 és 1951 között kari kurátor vezette, ezt követően, 1951-től 1962-ig dékán irányította. 1962. szeptember 1-jétől az egyetem élén rektor áll. Az igazgatási feladatokat kezdetben a dékáni hivatal látta el, amely 1954-ben alakult meg, majd 1962-ben rektori hivatallá alakult át. A dékáni, később rektori hivatal az egyetem központi igazgatási és ügyviteli feladatait végzi.

A tudományos és külügyek intézésére az Egyetemi Tanács az 1966/67. tanévben hozott létre önálló osztályt. Korábban a dékán, illetve a dékáni hivatal, majd 1962-től a rektor illetve a rektori hivatal, 1971-től pedig a főtitkár irányítása alá tartoztak a tudományos és külügyek.

1949-től folyt könyvtári tevékenység az intézményben. A hivatalos megalakulás dátuma 1950. január 16. A könyvtár az egyetemi szervezet kialakulása után a dékáni hivatal része, annak csoportja volt, 1960-tól önálló egység, 1963-tól a könyvtári és dokumentációs osztály része, majd 1965-től Központi Könyvtár. 2001-től a hivatalos megnevezése Egyetemi Könyvtár. 2021. decemberétől Pannon Egyetem Könyvtár és Tudásközpont (PEKT).