Egyetemünkön 1929-ben, Lukonich Imre vezetésével alakult meg az elsősorban a szomszéd népek, az Osztrák-Magyar Monarchia utódállamainak történetével foglalkozó Kelet-Európa Története Tanszék, illetve 1934-től a Kelet-Európa Intézet. 1953-ban az Intézet két önálló szervezeti egységre bomlott: a Szovjetunió Története és a Népi Demokratikus Országok Története Tanszékre E két tanszéket 1957-ben ismét összevonták.
A tudományos és külügyek intézésére az Egyetemi Tanács az 1966/67. tanévben hozott létre önálló osztályt. Korábban a dékán, illetve a dékáni hivatal, majd 1962-től a rektor illetve a rektori hivatal, 1971-től pedig a főtitkár irányítása alá tartoztak a tudományos és külügyek.
1949-től folyt könyvtári tevékenység az intézményben. A hivatalos megalakulás dátuma 1950. január 16. A könyvtár az egyetemi szervezet kialakulása után a dékáni hivatal része, annak csoportja volt, 1960-tól önálló egység, 1963-tól a könyvtári és dokumentációs osztály része, majd 1965-től Központi Könyvtár. 2001-től a hivatalos megnevezése Egyetemi Könyvtár. 2021. decemberétől Pannon Egyetem Könyvtár és Tudásközpont (PEKT).