Az 1948 utáni egyetemi reformok az oktatás tartalmának és az egyetemi képzés módszereinek átalakítása mellett az egyetem igazgatási szerveiben is változásokat hoztak. Megszűnt a Quaestura, az anyakönyvezési, pénztári és számvevői feladatokat ellátó hivatal, hatáskörét a Dékáni Hivataloknak alárendelt Tanulmányi Osztályok vették át. Az eddig a Quaestura által végzett anyakönyvi nyilvántartás, valamint a hallgatók félévenkénti tanulmányi változásainak a törzskönyvbe való bevezetése a kari Tanulmányi Osztályok feladatkörébe került át.
Levéltárunk is tükrözi ezt a szervezeti változást: az eddig a Quaestura fondjában őrzött törzskönyvek ezentúl a megfelelő karok fondjaiban külön állagot képeznek. Így például a Jogtudományi Kar törzskönyveinek folytatása a kar ezen állagában keresendő.
Jelen állagban az esti és levelező tagozatos törzskönyvek az 1952/53. tanévtől kezdődnek és az 1985/86. tanévig hiánytalanul megvannak, a hallgatók személyi adatait, valamint félévenkénti bontásban tanulmányaikra vonatkozó adatokat tartalmazzák.
1947/48-ban bevezették az esti tagozatos képzési formát, - amely a kétéves esti munkástanfolyam (42440/1945 VKM.) helyébe lépett - majd 1951-ben a levelező oktatást is (128/1951. (VI.17.) MT. sz. rendelet). Ezeken a tagozatokon munkaviszonyban lévők és e képzési forma jelentőségét frekventáltsága jelzi: a 60-as évek közepéig az esti és levelező tagozaton együttvéve kétszer annyi diák járt, mint a nappalin.

Az alkalmazottak törzskönyvei a kert dolgozóinak személyi és szolgálatai adatait tartalmazzák. A napszámosok nyilvántartása a be- és kilépések időpontjait közli, a napszámkönyv és a kertészsegédek bérkimutatásai a munkaidők és a kifizetett bérek jegyzéke.

A kutatás szempontjából a fond legérdekesebb része az anyagának túlnyomó többségét képző törzskönyvek csoportja. A törzskönyvek gyakorlatilag folyamatosan és hiánytalanul megvannak az 1918/19-es tanévtől 1949-ig. A törzskönyveket karonkénti bontásban az adott félévre beiratkozott hallgatók származási (=anyakönyvi) lapjainak egybekötésével alakították ki. Az anyakönyvi lapok tartalmazzák a hallgatók személyi adatait, így szüleik nevét, foglalkozását, a hallgatók vallását, és előképzettségét, valamint tanulmányi adatokat, hallgatott órák címét, előadó nevét, félév igazolását.
A törzskönyvek meglévő kötetei megbízható, pontos forrásanyagot képviselnek, így jó alapul szolgálhatnak egyrészt a hallgatók származásának vizsgálatához, az egyetemi hallgatóság összetételének változásaira irányuló kutatásokhoz, másrészt pedig művelődés-, tudomány-, és egyetemtörténeti elemzésekhez. Az egyetemi törzskönyvek alapján jól feldolgozható az egyetemi hallgatóság alakulása a különböző politikai-társadalmi változások (pl. 1918-19, trianoni határok közti Magyarország megszületése, a későbbi határváltozások, 1945 stb.) hatása.
Az anyag egy része, a legnagyobb forrásértékű vég- és távozási bizonyítványok mutatók segítségével jól kutathatók. A törzskönyvek tanévenként a betűrend alapján használhatók.

Az első állagban az állatorvosi tanszék oktatói munkájával, felszerelésével, a tanárok és diákok ügyeivel, általában az egyetemi képzéssel kapcsolatos iratanyagot helyeztük el. Mivel az iratokat ekkoriban még nem iktatták, csak a keletkezési sorrend lehetett a rendezés alapja. Az egyszerre több tárggyal foglalkozó iratokat is ide soroltuk. Néhány év anyaga, mint az 1792-es, rossz állapotban maradt ránk, ezért azokat nem vizsgálhattuk meg tüzetesebben.
A kutatók több iraton is más hivatalok (egyetemi, megyei, kancelláriai stb.) iktatószámait találhatják. Ezekre levéltárunkban nem hivatkozhatnak, és jegyzeteiket sem alapozhatják rájuk a hiteles kutatás érdekében.
Az 1787 és 1790 közötti iratok nyelve német, a későbbieké latin. Magyar nyelvűekkel az 1830-as évektől találkozhatunk növekvő számban. Az 1840, még inkább az 1844 utániak szinte kizárólag magyarul keletkeztek. 1850-ben ismét a német vált az ügyintézés nyelvévé. Iktatás és korabeli segédkönyvek híján az állagot szálankénti átnézéssel kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 31–32.]

Az állagban az intézet állategészségügyi gyakorlatának iratait: a járványokra vonatkozó ügyiratokat, szakvéleményeket, a Pest megyei helységek állategészségügyi tudósításait és más hasonló dokumentumokat helyeztük el. A külön intézeti képzés bevezetése előtti, vagyis az 1787 és 1799 közötti évekből is válogattunk hasonló iratokat, így ennek és az előző állagnak az időhatárai megegyeznek, annyi különbséggel, hogy ide 1848 utáni iratokat már nem soroltunk. A kutatónak célszerű mindkét állagból a megfelelő évek anyagát átnéznie. Az iratok nyelve ugyancsak német, latin, majd magyar. Közöttük szálankénti átnézéssel érdemes kutatni.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 33.]

Intézményünk nem nyitott új kötetet 1934-ben, hanem a korábbi főiskolai tanácsülési jegyzőkönyvekhez fűzte az új osztályülési feljegyzéseket. Az 1940. május 22. utáni iratok elvesztek. A kutató a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem levéltárában is tájékozódhat a korszakról.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 43–44.]

Múzeumunk jelenlegi állandó kiállítása 2018. március 7-én nyitott meg. Egyetemünk történetét mutatja be a 1787. évi alapítástól 2016. július 1-ig, amikor az intézmény ismét önállóvá vált, kiválva a Szent István Egyetemből. A korábbi tárlat 1984-ben alakult meg.