Gróf Leo von Thun-Hohenstein vallás- és oktatásügyi miniszter megreformálta a Habsburg-monarchia tartományainak oktatási rendszereit az 1850-es években. Ebből a magyar felsőoktatás, így az állatorvosképzés sem maradt ki. A korábbi tanszékből 1851. augusztus 10-én alakult meg az önálló állatorvosképző tanintézet. A képzés színvonala lecsökkent, hiszen a Pesti Állatgyógyintézet elveszítette korábbi egyetemi jellegét, a kormányzattól pedig nem kapott annyi támogatást, hogy utolérhesse a mintának tekintett bécsi állatorvosi iskola nívóját. Az oktatás hivatalos nyelve ugyan a német lett, de a magyart teljesen nem lehetett száműzni, hiszen a hallgatóság egy része csak ezt a nyelvet értette meg.
1875-ben, immáron a kiegyezés utáni kedvezőbb politikai körülmények között ismét átszervezték az intézményt, és 1890-ig Állatorvosi Tanintézetnek nevezték. Időközben a követelmények egyre magasabbak lettek, vagyis az intézet egyre értékesebb képesítést nyújtott.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 35.]
