A Pázmány Péter (1950-től Eötvös Loránd) Tudományegyetem Bölcsészeti Karára az „állatrendszertan” professzorának kinevezett Dudich Endre (1895-1971) akadémikus 1934-ben megalapította az Állatrendszertani Intézetet. Harminchárom évig tanszékvezetőként szervezte és vezette a rendszertani, biogeográfiai, hidrobiológiai és ökológiai oktatást és kutatást. 1952-ben a Magyar Tudományos Akadémia támogatásával létrehozta a tanszékhez kapcsolódó Talajzoológiai Kutatócsoportot, mely jelenleg Zootaxonómiai Kutatócsoportként működik. 1956-ban elindította az Opuscula Zoologica című tanszéki folyóiratot, majd 1958-ban megalapította a Dunakutató Állomást, melyet 1970-ig vezetett. A tanszéket 1967 és 1987 között vezető Balogh János akadémikus (1913-2002) javaslatára 1973-ban az Állatrendszertani és Ökológiai Tanszék nevet kapta. 1987 és 1991 között Loksa Imre, 1991 és 2005 között Dózsa-Farkas Klára végül pedig 2005-től Török János vezette a tanszéket.