Az 1980-as évek elejére sürgető problémaként merült fel a Természettudományi Karon működő matematika tanszékek, az egész szakterület struktúrájának a megreformálása. Szükségesnek látszott egy olyan integrált szervezet létrehozása, amely összefogja és egységes irányítás alá vonja a különböző matematika tanszékeket és így jobb feltételeket biztosít az oktatás és a kutatás számára, lehetővé teszi a nem egyetemen dolgozó, színvonalas kutatómunkát végző matematikusok egyetemi oktatásba való bevonását és megerősíti az alkalmazott matematikai kutatásokat.
A probléma megoldására a Művelődésügyi Minisztérium 1983. szeptember 1.-jével Matematikai Intézetet állított fel, élén Császár Ákos akadémikus, egyetemi tanárral. Az intézet irányításában az igazgató mellett az Intézeti Tanács vett részt.
Az intézet felállításával a tanszékek struktúrája is megváltozott, a 7 matematikai tanszékből az átszervezés során 8 lett: összevonták a két geometria tanszéket, megszűntették a Numerikus és Gépi Matematika tanszéket és helyette felállítottak egy Számítógéptudományi, valamint egy Számítástechnikai Tanszéket, ugyanakkor a két analízis tanszék közül az egyiket Numerikus Analízis Tanszékre változtatták és felállították az Operációkutatási Tanszéket.
A kialakított új struktúra azonban nem váltotta be a hozzá fűzött reményeket, állandó volt a tanszékek közötti feszültség az új feladatmegosztás, valamint a különböző személyi súrlódások miatt. A Művelődési Miniszter ezért 1987. március 30-i hatállyal megszűntette a Matematikai Intézetet és helyette létszámban közel egyenlő tanszékcsoportokat állított fel. Így 3 tanszékcsoport jött létre: Matematika I. tanszékcsoport, Matematika II. tanszékcsoport és Informatikai tanszékcsoport.