A rendszerváltás után a tudományos életben is nagy átalakulások voltak. Ennek egyik eleme a tudományos fokozatok megszerzésének szabályozása volt. A Tudományos Akadémiától elvéve a kandidátusi fokozat kiadását, az egyetemek visszakapták az egyetemi tudományos, azaz a doktorifokozat odaítélésének régi jogát, amit akkreditált doktori iskolák elvégzése után szerezhetnek mega doktoranduszok. A PhD bevezetésével beilleszkedtünk az általános világrendbe. Egyetemünkön is megalakultak a doktori iskolák, esetünkben a Földrajz/Földtudományi Doktori Program 1993-ban kezdte meg a működését majd 2001-ben nyert akkreditációt és vált Földtudományi Doktori Iskolává. Jelenleg 3 képzési programot kínál Földrajz–Meteorológia, Földtan–Geofizika, Térképészet és Geoinformatika.

Az iratanyag iktatott része 1993-2015-ig folyamatos, iktatólapok segítségével, a többi része pedig egyenkénti átnézéssel kutatható.

Doktori Program vezetői:

Géczy Barnabás 1993-1997. Márton Péter 1997-2001

Az iskola vezetői:

Márton Péter 2001-2005 Monostori Miklós 2005-2008 Gábris Gyula 2008-2013 Nemes Nagy József 2013-2018 Bartholy Judit 2018-2023 Tímár Gábor 2023-